Najważniejsze: połączenie z serwerem koniecznie powinno być szyfrowane, a więc włącz SSH
Czcionka w twoim systemie powinna mieć kodowanie Środkowoeuropejskie (domyślnie Putty ma ustawione „Zachodnie”).
Serwer z reguły będzie Linuxowy. Prawidłowo skonfigurowany będzie wysyłał Ci znaki w kodowaniu ISO-8859-2. Jeśli tego nie ustawisz prawdopodobnie nie zobaczysz polskich znaków, jak również ramek rysowanych znakami tekstowymi np. w MidnightCommanderze.
Konfiguracja PuTTY jest bardzo ładnie opisana na stronie http://pomoc.wit.edu.pl/index.php/Konfiguracja_PuTTY